UNDERGRAD
大學主要待在這兩邊
生命科學與資訊工程系館
+ programming
AI-Assisted Immunoinformatics Lab
— 屏東科技大學・動物疫苗科技研究所
EST. 2025 — PINGTUNG, TW
AIIL 建立跨物種精準醫療生物資訊方法把人類 AI-omics 轉譯到獸醫治療
AIIL 聚焦於 human-to-veterinary AI-omics translation：以人類大規模癌症、臨床與藥物擾動資料作為知識來源，結合 AI、NGS、ortholog mapping、pathway transfer learning 與標準化資料庫，產生可驗證的獸醫精準治療假說。
Asst. Prof., NPUST
ORCID 0000-0002-1126-7697
NOW / 2026 春
研究室甫成立，還在教學、第一個國科會計畫、合作計畫多頭燒。學生還在招，所以現在大多數工作是我一肩扛起。
這個頁面會持續更新。如果你是碩士生、合作者、或只是看到「把人類資料轉到動物」這句話想聊聊，寄封信給我。
GRANT
NSTC 一年期（2026.08–2027.07） 以人類 perturbome 為 source domain，用同源基因對應與 pathway transfer learning 建立 CPV / FPV 抗病毒藥物再利用框架。
WRITING
H2M-ValiPred 論文撰寫中 用 ESM-2 embedding ＋ 物化特徵預測抗體 developability；881 個抗體、13 項分析。
TEACHING
四門課同時在開 從大學部運算思維到研究所疫苗研究法。
SETUP
GPU 工作站 + DVC + MLflow 先把可重現分析的底盤打好，之後進來的學生可以直接站上去。
我怎麼走到這裡
我因為興趣而橫跨多個領域。每跨一步，我都把前一步的工具與理解帶過來，這張圖也是我現在能做「人類→動物」潛移學習的底氣。
MS / PhD
wet-lab + dry-lab
小鼠機制 → 罕病 NGS
+ variant analysis
POSTDOC I
KMU
癌症 RNA-seq biomarker
+ transcriptomics
POSTDOC II
NHRI
健康大數據 TRE
+ data platform
NOW · NPUST
transfer learning
獸醫學院・計算實驗室
+ cross-species transfer
→ VET MED
applied
伴侶動物臨床
四條主軸
AIIL 的研究聚焦於跨物種精準醫療生物資訊：以人類大規模癌症、臨床與藥物擾動資料作為知識來源，將成熟的人類生醫資料分析方法轉譯到獸醫癌症與病毒感染治療。核心問題是：當獸醫疾病缺乏大型 cohort、標準化 NGS、治療追蹤與藥物反應資料時，如何利用人類資料中累積的訊號，產生可驗證的獸醫精準治療假說？
human-to-veterinary AI-omics translation
跨物種精準醫療
以人類資料作為知識來源，以 AI、NGS、ortholog mapping、pathway transfer learning 與標準化資料庫作為方法底盤，產生可驗證的獸醫治療假說。
01
跨物種藥物再利用
human perturbome → veterinary antiviral therapy
ortholog mapping · pathway transfer · CPV / FPV
ortholog + pathway transfer
02
獸醫比較腫瘤學
human cancer → canine melanoma resource
clinico-genomic resource · NGS · therapeutics
target-domain validation
03
人類癌症資料引擎
clinical / omics / RWD source domain
mCRPC · TWB · NBCT · variant interpretation
source-domain expertise
04
獸醫精準醫療資料資源
messy records → reusable evidence
clinico-genomic data model · governance
standardized evidence infrastructure
展開
跨物種藥物再利用
這條主軸是目前國科會計畫的核心。人類醫學已有大量藥物擾動資料與轉錄體反應資料，但獸醫病毒感染缺乏等量的實驗資料。因此，我們嘗試把人類 perturbome 中的藥物反應訊號，透過 human-dog-cat ortholog mapping、pathway transfer learning 與 foundation model representation，轉譯到犬貓病毒感染模型。第一個應用場景是犬小病毒與貓瘟病毒；研究目標不是直接宣稱找到有效藥物，而是建立可審核、可比較、可實驗驗證的候選藥物排序框架。
cross-species transferdrug repurposingLINCS/L1000perturbomeortholog mappingpathway transfer learningCPVFPV
獸醫比較腫瘤學
犬口腔 melanoma 是實驗室在獸醫端最重要的落地場域。這條主軸不是單純建立一個 NGS 資料庫，而是建立可用於比較腫瘤學與治療假說產生的 AI-ready clinico-genomic resource。我們會標準化整理本地犬口腔 melanoma 的臨床資料、病理資訊、治療紀錄、追蹤結果與 NGS 資料，比較其 genomic alteration、immune-related features 與人類 mucosal melanoma / rare melanoma 的異同，並評估癌症疫苗、抗體標的與小分子藥物再利用的可能性。
comparative oncologycanine oral melanomaclinico-genomic resourceNGS databasecancer vaccinemAb targetprecision therapeutics
人類癌症與臨床基因體資料引擎
人類資料不是偏離獸醫主軸的副線，而是 AIIL 跨物種轉譯方法的 source-domain engine。實驗室過去與現在的人類癌症資料分析，包括癌症資料庫、mCRPC 治療反應轉錄體、PRS 與長期臨床追蹤、罕病 / 血栓相關變異詮釋等，提供了建立模型、驗證方法、處理真實世界資料與整合臨床證據的基礎。這些經驗會回流到獸醫疾病研究中，支援比較腫瘤學、獸醫抗病毒藥物再利用與犬貓 clinico-genomic database 建置。
human oncology datareal-world datamCRPCPRSTWBNBCTcancer transcriptomicsvariant interpretation
獸醫精準醫療資料資源
獸醫精準醫療的主要瓶頸不是缺少單一分析工具，而是缺少可累積、可比較、可驗證的資料基礎。臨床紀錄、檢驗數值、病理描述、治療反應、NGS 結果與追蹤資料往往分散在不同系統中，格式不一致，也缺乏可供 AI 與統計模型使用的標準化結構。因此，AIIL 將資料治理與標準化視為研究的一部分，從欄位定義、病例定義、診斷可信度、樣本連結、NGS pipeline、資料權限到 evaluation set，建立能支援模型開發與臨床合作的資料底盤。
AI-ready dataveterinary NGS databaseclinico-genomic data modeldata governancereproducible pipelinesreal-world evidenceevaluation set
給學生
教學是我現在每天最大一塊時間。我自己一路走下來學的是「換語言」的能力，從分生機制換做生物資訊分析、從C 換到 Python、從小鼠換到人換到獸醫動物。我相信計算思維是現代生醫研究者的基本能力，所以課程不會停在工具層面：我想讓學生練習把問題拆開，再用資料跟程式去回答。
如果你是大學部的學生，別怕寫程式，我們會從頭開始。如果你是碩士生，我們會從文獻閱讀與一個小資料集開始，題目會依你的背景跟進度展開。沒有統一的起跑線。
開設課程
01
運算思維與資訊科技應用
大學部・必修
02
動物疫苗研究法
研究所・必修・中文
03
動物疫苗研究法
研究所・必修・英文
04
免疫原結構與表達方法
研究所・選修
05
生物資訊入門
研究所・選修
06
進階生物資訊
研究所・選修
07
免疫科技與產業運用
研究所・選修
08
生物統計
研究所・選修
聯絡
正在招收對計算生物學有興趣的碩士生。獸醫、生物、植物醫學、農業、資管、統計，只要你對生醫問題有好奇，都適合。不要求入門前就會寫程式。
PHONE
+886-8-770-3202 ext. 5406
ADDRESS
No.1 Shuefu Rd., Neipu, Pingtung 912 · College of Veterinary Medicine, NPUST
ORCID
# ~/lab/aiil/collaborators ── last updated: 2026-04-20
$ collaborators --list
# 合作者與致謝 · 一間剛起步的實驗室，站在很多人的肩膀上
about this page
/* 這一頁是實驗室的合作網路snapshot。排序沒有特別意義，依類別分組。*/
network ──────── 5 clusters
┌─────────────────────┐
│ HUMAN GENOMICS │
│ TVGH · NHRI · KMU │
└──────────┬──────────┘
│
│ stroke variants · F2 · cohort NGS
│
┌─────────────────────┐ ┌──────┴──────────┐ ┌─────────────────────┐
│ VET & ANIMAL │───┤ ├───│ INDUSTRY / TOOLS │
│ NPUST vet med │ │ aiil @ NPUST │ │ antibody · CRO │
│ clinics · shelters │ │ (lhchang) │ │ agent frameworks │
└─────────────────────┘ └──────┬──────────┘ └─────────────────────┘
│
│ compute · data · shared IRB
│
┌──────────┴──────────┐
│ METHODS & DATA │
│ TWB · NBCT · NHI │
│ intl. labs · code │
└─────────────────────┘
aiil @ NPUST
(lhchang)
HUMAN GENOMICS
TVGH · NHRI · KMU
VET & ANIMAL
NPUST vet med
INDUSTRY / TOOLS
antibody · CRO
METHODS & DATA
TWB · NBCT · NHI
# 中心是實驗室本身，四個方向是持續往來的合作面。每條邊上寫的是目前實際的交集。
human genomics ── clinical collaborators
- TVGH
- 臺北榮民總醫院 · 神經內科 · 早發性腦中風 cohort、家族性腦靜脈竇血栓 F2 p.F382L、臨床表型與遺傳判讀、罕見疾病 variant interpretation、family-based NGS 分析
- NHRI
- 國家衛生研究院 · 國家級 NGS 資料平台、精準醫學工作流程
- KMU
- 高雄醫學大學 · 癌症 RNA-seq 生物標記、攝護腺癌二代荷爾蒙藥物選擇平台
- others
- // 陸續補上，歡迎有意合作者來信
vet & animal ── on-campus + clinics
- NPUST.vet
- 獸醫學院 · 院內合作；病理、微生物與免疫相關資源
- AVT
- 動物疫苗科技研究所（PI 所屬單位） · 疫苗研究主場域；動物樣本處理、病毒分離與傳代、抗原製備
methods · industry · tools
- [antibody] 抗體開發合作對象 · H2M-ValiPred 驗證資料集來源，developability assay 交換
- [data] TWB · NBCT · 健保資料庫 · 人類面的 cohort-scale 資料，用於 transfer learning 的 human reference
- [compute] 國家高速網路與計算中心 · GPU 叢集與儲存，長跑 embedding 與 diffusion
- [tools] open-source community · ESM · RFdiffusion · BindCraft · DVC · MLflow — 站在巨人的肩膀上
funding & acknowledgements
- NSTC
- 國科會 2026.08–2027.07 · CPV / FPV 跨物種抗病毒藥物再利用（主持人）
- NPUST
- 校內新進教師啟動經費 · GPU 工作站與計算基礎建設
- KMU–NPUST
- 高醫屏科雙邊計畫 · 計算基礎建設與 wet-lab 合作
- higher-ed
- 高教深耕相關計畫 · H2M-ValiPred 撰稿期間支援
- mentors
- // 感謝一路上的指導者：博班、博後與每個願意花時間的前輩
# 本頁呈現的研究成果，無一不是多方合作與公開資源累積的結果。若有遺漏或錯誤，請來信告知，會盡速修正。
lab members · 2026
- [PI] Li-Hsin Chang 張立鑫 · assistant professor · 主持人
- [MS] 招募中 · // recruiting — 碩士生名額開放中
- [UG] 招募中 · // 專題生歡迎詢問
- [alumni] // 尚無 · 實驗室於 2025 成立
// 想加入、合作、或只是想聊聊？ >>> lhchang@mail.npust.edu.tw
Vol. 01 · No. 02
Spring 2026
Spring 2026
Publications
& Writing
& Writing
Li-Hsin Chang
ORCID 0000-0002-1126-7697
ORCID 0000-0002-1126-7697
Featured · 早發性缺血性腦中風
Published · Neurology 106(12):e218126 · 2026 · multi-center collaboration · co-author
北榮神內長期參與中研院「台灣精準醫療計畫（TPMI）」，整合院內收案與 TPMI 多中心資料，以 GWAS 找出台灣早發性缺血性腦中風的風險因子。
論文經過多輪審查與資料擴充，已於 2026-06-01 正式刊出；紙本期別為 2026-06-23。對我來說，這篇標誌了從博班就開始參與的收案計畫終於有一個夠大的產出。
Featured · F2 p.F382L & 家族性腦靜脈竇血栓
Submitted · RPTH · 2026 · first author
從一個家族出發，鎖定 F2 基因上的一個罕見 missense variant，並在臨床與功能層面建立它與家族腦靜脈竇血栓的關聯。對我個人，這是「家族 NGS + 變異判讀」這條線的收尾作品之一。
Featured · H2M-ValiPred
撰稿中 · 目標投稿 Bioinformatics Advances · 第一作者
抗體開發階段的 developability 預測，大多數模型只在人源資料上訓練。我們想問的是：當目標物種換成貓、狗，這些預測還準嗎？研究做的是把 ESM-2 language model embedding 當作跨物種的共同座標系，用 881 條抗體、13 項實驗分析建立跨物種對齊的基準。
這是實驗室的第一個正式 output，也是四條主軸裡「跨物種遷移」的最小可行驗證。資料與程式碼釋出後會放在實驗室 GitHub。
人源模型能不能跨到動物身上？要知道答案，得先把比較的尺度建起來。
ORCID
CV
完整版履歷與發表列表歡迎來信索取
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No.1 Shuefu Rd.,
Neipu, Pingtung 912, TW
Neipu, Pingtung 912, TW